С 1995 года по 2000 год работал режиссером-постановщиком на ВГТРК. Занимался производством молодежной телевизионной программы «Башня» – создание сюжетов, джинглов, монтаж, съемка, написание текстов. Будучи самым молодым режиссером в команде, проявил себя как обязательный и пользующийся авторитетом человек.

В 2001-2004 годах был главным редактором журнала «Башня» и креативным директором «Beauty». В 2017 году Илья Шерстобитов дебютировал как режиссер – он выпустил короткометражную ленту под названием «Шаги» о бесцельном молодом человеке и его слепой сестре. Точнее, наоборот, о слепой девушке, полной интереса к жизни, и ее младшем брате, который ценности существования не замечает.

С марта 2017 года занимает должность генерального директора студии по производству кинофильмов «Икс-соул».